El área dónde está construido la iglesia de San Pedro fue en un inicio un Hospital destinado al cuidado de los naturales de Cusco; sin embargo, la costumbre de los españoles tenía la costumbre de que todo hospital tenía que tener una capilla razón por la cual construye en el año de 1572.

En 1750 la ciudad es sacudida por un terremoto provocando derrumbes de las varias construcciones que se hallaban en la ciudad, afectando también al hospital de naturales y la capilla que se encontraba en el interior.

En 1688 el obispo de Cusco Manuel de Mollinedo fue el que impulso la construcción de la iglesia de San Pedro, los trabajos estuvieron a cargo del arquitecto y escultor cusqueño juan Tomás Tuyro Tupac; pero sucede que para edificar la iglesia necesitaban piedras y lo trajeron del cerro Picchu, era el más cercano a la ciudad además que fue una construcción inca.

Nuevamente, en 1950 la ciudad imperial sufre un terremoto y sufre daños en las cúpulas de las torres, arcos por o que tuvieron que hacer las refacciones, en la actualidad se ubica entre las iglesias más famosas de la ciudad, además cerca de este centro está el mercado de San Pedro, centro de abastos más antiguos de la ciudad.